В мехатронике широко применяются микроконтроллеры - миниатюрные вычислительные устройства, выполненные в виде одного кристалла и имеющие в своем составе функционально те же компоненты, что и обычный компьютер -процессор, память, периферийные устройства. Но возможности микроконтроллеров, по сравнению с компьютерами, сокращены и, за счет этого, их удается сделать малоразмерными, дешевыми, обладающими низким электропотреблением.
Студенты Института «МЭИ-Фесто» изучают области и методы применения микроконтроллеров, архитектуру этих устройств, принципы проектирования систем на их основе, программирование. Для практического освоения микроэлектронной техники в институте имеется класс микроконтроллеров и класс микроэлектронных систем.